Для хакера на данный момент есть больше плюсов сидеть под Windows, так как больше настроек и программ (поверьте, проверял). Для обычного пользователя, было в сети выражение: "для того что бы включить телевизор, не нужно идти в институт и изучать электронику, просто нажал на кнопку и все." Это высказывание, как нельзя лучше представляет пользователей Linux/FreeBSD и т.д., которые для работы со сканером (например) будут писать скрипты, качать заплатки и прочее (попробуйте вставить новое оборудование и сразу с ним работать, ничего не выйдет, так как многое вообще откажеться функционировать). Мир не стоит на месте и все делается для удобства, так зачем же усложнять себе жизнь? Единственный плюс Linux - это защита от вирусов, вы думаете что под Linux их нет? Такда вы очень ошибаетесь, так как я лично находил такие программы. Поверьте, защищен тот компьютер, который отключен от интернет. Если вы боитесь что кто то влезет на ваш компьютер в ваше отсутствие, или украдет ваш HDD, тогда создавайте при загрузке виртуальный раздел под паролем (но это уже мания преследования). В принципе Linux не плохая ОС, но она еще слишком далека от идеала.

- деяка складність

Оскільки Віндовз в першу чергу був орієнтований на «домогосподарок», то так історично склалось що при його розробці більша увага приділялась зручності та зрозумілості графічного середовища системи. А Лінукс створювався «хакерами» в першу чергу для власних потреб, тому тут зроблена ставка на функціональність, стабільність та можливості.
 Після того багато змінилося і на даний момент є багато дистрибутивів Лінукса, які розраховані на звичайних користувачів. Проте, деякі речі залишаються складнішими. 
Після певного часу користуванням Лінуксом користувач починає розуміти переваги великої функціональності та гнучкості перед зручністю. Тому з часом цей недолік переростає в перевагу.
Проте з кожним роком популярні дистрибутиви Лінукса стають все ближчими і зрозумілішими і для новачків які тільки починають своє знайомство з ним.

- проблеми з драйверами до пристроїв
У Лінуксі драйвери більшості пристроїв вшиті в ядро системи. Саме тому відразу після встановлення системи у більшості випадків у нас крім великої збірки програм (на всі випадки життя), ще й відразу працюючий звук, відеокарта, мережа (у Віндовзі після встановлення системи доводиться встановлювати драйвери окремо для кожного з пристроїм).
Проте інколи виникають проблеми. Лінукс може не розпізнати якийсь з пристроїв і матимемо непрацюючий звук чи мережу. У багатьох випадків виправлення цієї проблеми є не дуже легким і потребує певних навиків від користувача. Також часто буває що даний пристрій лише недавно вийшов на ринок і драйвера під Лінукс може ще взагалі не бути.
Проблема вирішиться тоді, коли користувачів Лінукса стане достатньо багато, щоб виробники пристроїв змушені були писати повнофункціональні драйвери і під нього.